Niestabilność polityczna która w polityce międzynarodowej była mocno odczuwalna od 1938 roku, nie pozostawała bez echa w drogowych strukturach administracyjnych. Rozpoczęto zintensyfikowane przygotowania organizacyjne i materiałowe do wojny z Niemcami. W październiku 1938 r. Joachim von Ribbentrop skierował żądania w stosunku do Polski włączenia Wolnego Miasta Gdańska do III Rzeszy oraz budowy eksterytorialnej autostrady i linii kolejowej łączącej Prusy Wschodnie z Rzeszą.
Zerwanie przez Hitlera paktu o nieagresji z Polską w kwietniu 1939 roku (zawarty 26 stycznia 1934 r.) oraz odrzucenie przez polski rząd niemieckich żądań, krytyka polityki appeasementu, sojusze i pakty międzynarodowe weryfikowały plany i potrzeby obronne. Oparte zostały one min. w terenie na rzece Wiśle, która dzieliła strategicznie Polskę na dwie części i po zniszczeniu na niej mostów uniemożliwiało się wszelką komunikację. Istniało na tej rzece 7 stałych przepraw mostowych. Administracja drogowa otrzymała zadanie specjalne wiosną oraz latem 1939 roku Ministerstwo Komunikacji i Inspektorat Saperów wybudował nową 35 kilometrową drogę łączącą Toruń z Ciechocinkiem wzdłuż brzegów Wisły oraz postawił 8 mostów półstałych drewnianych, w tym 6 dla ruchu dwukierunkowego i 2 dla ruchu jednostronnego w miejscowościach Modlin, Świdry Małe, Brzumin, Maciejowice, Solec Sandomierski, Baranów, Nowy Korczyn i Mogiła. W Ministerstwie Komunikacji zadania te były podporządkowane osobiście Aleksandrowi Gajkowiczowi. Oprócz mostów były również przeprawy promowe. Pomimo zmilitaryzowania mostów, większość z nich nie wytrzymała naporu wojsk niemieckich, nalotów bombowych, a bez wsparcia sojuszniczego w osamotnionej walce część musiała zostać wysadzona przez polskich saperów. Strategiczne konstrukcje nadające się do naprawy były odbudowywane przez wojska niemieckie, niektóre konstrukcje stawiane od podstaw, również prowizoryczne mosty. W powojennym bilansie 66 procent stanu mostowego z 1939 roku uległa zniszczeniu w większości na głównych rzekach Polski.
Sytuacja wojenna 1939 roku nie spowodowała utraty państwowości przez Polskę. Działał rząd na emigracji, a w kraju istniały jego podziemne struktury, które za przywódców często miały osoby pamiętające czasy zaborów i trudy odzyskania niepodległości zaledwie dwie dekady wcześniej. Rząd generała Władysława Sikorskiego powierzył sprawy drogowe Aleksandrowi Gajkowiczowi, naczelnikowi przedwojennego Wydziału Budowy Dróg w Departamencie Budowy i Utrzymania Dróg Ministerstwa Komunikacji. Działania jego ograniczono do ustnych raportów i poleceń. Już po kilku tygodniach od zakończenia działań wojennych, personel byłych PZD otrzymywał droga poufną informacje o potrzebie powrotu na stanowisko z zaleceniem między innymi pilnowania dobra drogowego, ewidencjonowania maszyn drogowych wywożonych przez okupanta dla ułatwienia po zakończeniu wojny ich rewindykacji. Podczas wojny budowa i utrzymanie dróg pozostawała w gestii okupanta. Do wykonywania zadań tego zakresu zatrudniano w Strassenbaumacie, również przymusowo polską przedwojenna kadrę drogową, oczywiście na niższych stanowiskach. Sprzyjało to drogowcom w konspiracji. Mieli możliwość opóźniać prace drogowe, dywersyfikować budowy, próbować wpływać na politykę drogową okupanta. Miało to priorytetowe znaczenie zwłaszcza przy robotach nawierzchniowych, gdzie starano się wykorzystywać kosztowne materiały i trwałe takie jak bruk, beton, cement, bitum, by po okupacji mogły stanowić majątek trwały. Niemcy często ograniczali się do utrzymywania potrzebnych im szlaków, czasem zlecając opiekę nad nimi przedsiębiorcom niemieckim.
Pozostałe drogi najczęściej były przeorane rowami przeciwczołgowymi, zwężane bunkrami obronnymi, a ruch odbywał się gruntowani pasami przydrożnymi. Okres okupacji został przez Polaków wykorzystany do stworzenia podstaw dla powojennej organizacji drogownictwa. Planowano kolejną odbudowę kraju, naprawy zniszczeń. Tajne struktury w kraju wykorzystując potencjał inżynierski wraz z doświadczonym gronem znawców teorii i praktyki, w oparciu o rząd na emigracji w Londynie przygotowywały projekty sieci autostrad, programy rozwoju, instrukcje dla niższej służby drogowej oraz plany w zakresie potrzebnej literatury fachowej. Stworzono całkiem nową ustawę o organizacji, budowie i utrzymaniu dróg oraz ich finansowaniu, a także wszystkich przepisy o organizacji i działaniu organów drogownictwa. Za to przedsięwzięcie, kontakty z konsultantami odpowiedzialny był Stefan Rodkiewicz i wypełnił swoje konspiracyjne zadanie wzorowo. Pozwoliło to na płynne przejście z chwilą wyzwolenia Polski do realizacji odbudowy i akceptację ustaw, uchwał przez powojenny sejm.
Rząd londyński zlecił władzom w kraju przygotowanie kadr wszystkich rodzajów administracji państwowej w celu obsadzenia i zagospodarowania również ziemna Zachodzie, które miały przypaść Polsce po zwycięstwie nad hitleryzmem. Kadra drogowa była znacznie przerzedzona. Do tego potrzebna była literatura fachowa oraz kadra nauczająca. Wiele osobistości przedwojennego drogownictwa, niezatrudnionych przez okupanta pracowała w szkolnictwie zawodowym, początkowo tolerowanym przez władze. Jednym z przykładów jest Stefan Bryła, który prowadził tajne nauczanie w grupach studentów Politechniki Warszawskiej. Specjalnie dla AK przygotował wówczas podręcznik „Jak niszczyć stalowe mosty”, jednocześnie opracowując 10-letni plan odbudowy stolicy. Próbował zorganizować Tajną Organizację Inżynierów, której celem miała być przede wszystkim pomoc materialna dla inżynierów znajdujących się w trudnych warunkach i piszących prace doktorskie. Pierwszy raz został aresztowany za swoją działalność konspiracyjną w 1942 roku. Wykupiony przez organizację podziemną, kontynuował swoją pracę, przygotowując m.in. nowe wydanie „Podręcznika Inżynierskiego”. Za organizowanie tajnego nauczania wraz z całą rodziną został aresztowany i rozstrzelany przez Gestapo 3 grudnia 1943 roku w rejonie zajezdni tramwajowej przy ul. Puławskiej.
